Los microorganismos que componen tu microbiota son, como hemos dicho, simbióticos: mantienen una relación beneficiosa con el resto de tu organismo. Otros microorganismos, sin embargo, son patógenos: perjudican tu salud. Los simbióticos y los patógenos compiten por los mismos recursos para sobrevivir y reproducirse. Cuando tu microbiota está equilibrada, le roba los nutrientes a los patógenos, haciendo que estos no puedan crecer. Además, la microbiota induce la secreción de péptidos antimicrobianos, que actúan como una especie de mata-mosquitos contra los patógenos. Sin embargo, una microbiota desequilibrada no es capaz de robarle los nutrientes a los patógenos, y tampoco produce suficientes péptidos antimicrobianos, lo cual es fatal para la autoinmunidad.

Si tienes una enfermedad autoinmune, tu respuesta inmunitaria tiende a la sobre activación. Es por eso que muchos de los medicamentos que se recetan son inmunodepresores: pretenden dormir el sistema inmune.

Por una parte, la inmunodepresión previene daños, porque no se producen ataques contra tu propio cuerpo. Pero, por otra parte, si entra algún patógeno, el encargado de luchar estará echándose una siesta inducida por fármacos como el metotrexato que se puede llegar a recetar para tratar el lupus o la artritis reumatoide.

Si estás tomando medicamentos que duermen tu sistema inmune, pero tienes una microbiota que no le roba la comida a los patógenos, estos crecerán y supondrán un mayor riesgo, porque no habrá un sistema inmune despierto que luche contra ellos.

Por otra parte, si no estás tomando fármacos inmunodepresores y tienes una enfermedad autoinmune, tu sistema inmunológico, como hemos dicho, tiende a la sobre activación. Podríamos decir que es como un francotirador de gatillo fácil. Si además de esto, tu desequilibrada microbiota fomenta el crecimiento de patógenos, este francotirador sobreexcitado tendrá todavía más trabajo, por lo que habrá más probabilidades de que te termine por disparar a ti.